Bakterien sind Mikrometer kleine einzellige Organismen, die bis auf wenige Ausnahmen nur im Mikroskop sichtbar sind, aber im Gegensatz zu Viren über einen eigenen Stoffwechsel verfügen. Obwohl tausende unterschiedlicher Bakterienarten in den etwa 350 Jahren seit Entdeckung dieser Kleinstlebewesen beschrieben und systematisch eingeordnet wurden, ist davon auszugehen, dass der weitaus größte Teil – 95 bis 99 Prozent – aller auf der Erde existierenden Bakterienarten noch nicht bekannt sind.
In der Natur kommen Bakterien in großer Zahl vor, und zwar in praktisch jeder denkbaren Umgebung, in Boden, Erdkruste, Luft, Süß- und Salzwasser. Auch der Mensch ist von zahlreichen Bakterienarten besiedelt. Schätzungen zufolge beherbergt er auf seinen äußeren und inneren Oberflächen etwa 1014 bis 1015 Bakterienzellen als sogenannte „Normalflora“ oder „Mikrobiom“. Während auf der Haut etwa 1.000 Keime pro cm2 nachweisbar sind, finden sich auf den Schleimhäuten anderer Körperregionen deutlich höhere Bakteriendichten, etwa im Mund-Rachen-Raum oder der Vagina. Die größte Bakterienkonzentration ist jedoch im Dickdarm nachzuweisen. Hier kommen geschätzt bis zu 1012Bakterien pro Gramm Stuhl vor, die 400 bis 500 verschiedenen Arten angehören.
Der Mensch profitiert in vielerlei Hinsicht von seinem Mikrobiom: Verdauungsvorgänge und Entgiftungsprozesse im Darm werden unterstützt, Enzyme und Vitamine bereit gestellt und durch die Kolonisation mit harmlosen Bakterien wird, beispielsweise auf der Haut, im Darm, in der Mundhöhle und in der Vagina, die Absiedlung von krankheitserregenden – pathogenen – Bakterien verhindert.
Bakterien können allerdings auch eine Schädigung ihres Wirtes auslösen. Das ist dann möglich, wenn es ihnen gelingt, natürliche Barrieren zu durchbrechen. Wird beispielsweise bei einer Verletzung die Schutzschicht Haut beschädigt, können Keime der Haut oder der Umgebung in tiefere Gewebsschichten gelangen und eine Wundinfektion hervorrufen. Ähnliches ereignet sich bei der Perforation eines Hohlorgans im Bauch („geplatzter Blinddarm“), bei der massenhaft Darmkeime in die keimfreie Bauchhöhle gespült werden. Da zahlreiche Bakterienarten über Mechanismen verfügen, die es ihnen ermöglichen, sich auf künstlichen Oberflächen anzusiedeln und sich dort in einem sog. „Biofilm“ zu organisieren, stellen in den Körper eingebrachte Implantate, zum Beispiel Gelenkendoprothesen, künstliche Herzklappen, knochenstabilisierende Metallplatten und -schrauben (Osteosynthesen) sowie Gefäßkatheter eine weitere nicht zu vernachlässigende Infektionsquelle dar.